學校前身為廈門護士學校、廈門醫(yī)士學校、廈門助產(chǎn)學校，1953年因該地醫(yī)學類學校師資力量薄弱，三校整合成立了福建廈門衛(wèi)生學校；廈門衛(wèi)生學校為市屬中專。2007年經(jīng)教育部批準改名為廈門醫(yī)學高等專科學校；2016年3月經(jīng)國家教育部批準成立廈門醫(yī)學院。